Proteínas ABCD

November 2nd, 2010 |

Cyntia Amorosi, M.Sc., and Stephan Kemp, Ph.D.

La familia de proteínas ABC

las proteínas cassette de unión a ATP (ABC) forman una de las mayores familias de proteínas. Los miembros de esta familia se han encontrado en cada organismo examinado hasta ahora, incluyendo bacterias y plantas. Al menos 48 proteínas humanas ABC han sido identificadas en el genoma humano. Muchas de estas proteínas ABC son bombas transmembrana activas, que puede transportar sustratos en contra del gradiente de concentración. La energía necesaria para este transporte activo se genera a través de la hidrólisis de ATP.

La estructura general de un ” transportador ABC completo” funcional se compone de dos dominios transmembrana (TMD), cada uno compuesto de seis hélices transmembrana, y dos unidades ABC. Existen diferentes combinaciones de dominios TTM y ABC encontradas en las proteínas ABC en humanos. En general, un transportador funcional completo está construido a raíz de la composición TTM-ABC-TMD-ABC. Los cuatro dominios pueden estar presentes en un polipéptido (como las glicoproteínas P -MDR), o pueden estar formados por un complejo multiproteíco (como TAP-1 (ABCB2) y TAP-2 (ABCB3)).

ALDP is a half-transporter that must dimerize with another half-transporter to form a full-transporter

Existe un sitio web disponible en NCBI dedicado a los genes ABC, escrito por el Dr. Michael Dean. Cuenta con descripciones y referencias de todos los genes ABC en humanos, ratón y Drosophila con links para las bases de datos OMIM, LocusLink, base de datos de genoma de ratón, mapas de los cromosomas, etc. Usted también puede descargar textos completos en formato PDF. El sitio se actualiza periódicamente el incluso puede contener enlaces a otros sitios, videos, conferencias, citas que no han sido publicadas. Follow this link

Las proteínas ABC peroxisomales (ABCD)

La proteína involucrada enALD -X (PALD) consta de 745 aminoácidos y tiene la topología de un “medio transportador ABC”, que contiene sólo un dominio transmembrana y una unidad de unión a ATP (TTM-ABC). Es probable que con el fin de convertirse en un “transportador completo” la PALD forme un dímero, ya sea con otra PALD o con una de las otras proteínas peroxisomales ABC. Se ha demostrado in vitro la homodimerization de PALD y la heterodimerización ya sea con PRALD o con PMP70 (Smith et al., 1999; Lui et al., 1999). El medio transportadores peroxisomal ABC, PALD (ABCD1), proteínas relacionadas con adrenoleucodistrofia (PRALD, ABCD2)) y la proteína de membrana peroxisomal de 70 kDa (PMP70, ABCD3) forman una subclase separada de las proteínas ABC (subclase D). Desde su identificación se preveía que PMP69 (o P70R, ABCD4) se localizaba en el peroxisoma. Sin embargo, en 2009, Kashiwayama y sus colegas demostraron que P70R endógena se localiza en el retículo endoplasmático y no en los peroxisomas.

protein	gene name	Cellular localization	chromosomal location
ALDP	ABCD1	peroxisomal	Xq28
ALDRP	ABCD2	peroxisomal	12q11
PMP70	ABCD3	peroxisomal	1p21-22
PMP69 or P70R	ABCD4	ER	14q24.3

Alineamiento de proteínas ABCD peroxisomales

ABCD1           ----MPVLSRPRPWRGNTLKRTAVLLALAAYGAHKVYPLVRQCLAP-ARGLQAPAGEPTQ 55
ABCD2           MTHMLNAAADRVKWTRSSAAKRAACLVAAAYALKTLYPIIGKRLKQSGHGKKKAAAYPAA 60
ABCD3           ----MAAFSKYLTARNSSLAGAAFLLLCLLHKRRRALGLHGK-----------KSGKPPL 45
                    : . :       .:    *  *    :  :    :  :            :. *. 

ABCD1           EASGVAAAKA--------GMNRVFLQRLLWLLRLLFPRVLCRETGLLALHSAALVSRTFL 107
ABCD2           ENTEILHCTETICEKPSPGVNADFFKQLLELRKILFPKLVTTETGWLCLHSVALISRTFL 120
ABCD3           QNNEKEGKKER------AVVDKVFFSRLIQILKIMVPRTFCKETGYLVLIAVMLVSRTYC 99
                : .     .          ::  *:.:*: : :::.*: .  *** * * :. *:***: 

ABCD1           SVYVARLDGRLARCIVRKDPRAFGWQLLQWLLIALPATFVNSAIRYLEGQLALSFRSRLV 167
ABCD2           SIYVAGLDGKIVKSIVEKKPRTFIIKLIKWLMIAIPATFVNSAIRYLECKLALAFRTRLV 180
ABCD3           DVWMIQNGTLIESGIIGRSRKDFKRYLLNFIAAMPLISLVNNFLKYGLNELKLCFRVRLT 159
                .:::   .  :   *: :. : *   *::::      ::**. ::*   :* *.** **.

ABCD1           AHAYRLYFSQQTYYRVSNMDGRLRNPDQSLTEDVVAFAASVAHLYSNLTKPLLDVAVTSY 227
ABCD2           DHAYETYFTNQTYYKVINMDGRLANPDQSLTEDIMMFSQSVAHLYSNLTKPILDVMLTSY 240
ABCD3           KYLYEEYLQAFTYYKMGNLDNRIANPDQLLTQDVEKFCNSVVDLYSNLSKPFLDIVLYIF 219
                 : *. *:   ***:: *:*.*: **** **:*:  *. **..*****:**:**: :  :

ABCD1           TLLRAARSRGAGTAWPSAIAGLVVFLTANVLRAFSPKFGELVAEEARRKGELRYMHSRVV 287
ABCD2           TLIQTATSRGASPIGPTLLAGLVVYATAKVLKACSPKFGKLVAEEAHRKGYLRYVHSRII 300
ABCD3           KLTSAIGAQGP----ASMMAYLVVSG--LFLTRLRRPIGKMTITEQKYEGEYRYVNSRLI 273
                .*  :  ::*.    .: :* ***     .*      :*::.  * : :*  **::**::

ABCD1           ANSEEIAFYGGHEVELALLQRSYQDLASQINLILLERLWYVMLEQFLMKYVWSASGLLMV 347
ABCD2           ANVEEIAFYRGHKVEMKQLQKSYKALADQMNLILSKRLWYIMIEQFLMKYVWSSSGLIMV 360
ABCD3           TNSEEIAFYNGNKREKQTVHSVFRKLVEHLHNFILFRFSMGFIDSIIAKYLATVVGYLVV 333
                :* ****** *:: *   ::  :: *..::: ::  *:   :::.:: **: :  * ::*

ABCD1           AVPIITATGYSESDAEAVKKAALEKKEEELVSERTEAFTIARNLLTAAADAIERIMSSYK 407
ABCD2           AIPIITATGFADGE---------DGQKQVMVSERTEAFTTARNLLASGADAIERIMSSYK 411
ABCD3           SRPFLDLS--------------HPRHLKSTHSELLEDYYQSGRMLLRMSQALGRIVLAGR 379
                : *::  :                 : :   **  * :  : .:*   ::*: **: : :

ABCD1           EVTELAGYTARVHEMFQVFEDVQRCHFKRPRELEDAQAGSGTIGRSGVRVEGPLKIRGQV 467
ABCD2           EVTELAGYTARVYNMFWVFDEVKRGIYKRTAVIQESESHSKNGAKVELPLSDTLAIKGKV 471
ABCD3           EMTRLAGFTARITELMQVLKDLNHGKYERTMVSQQEK------GIEGVQVIPLIPGAGEI 433
                *:*.***:***: ::: *:.::::  ::*.   :: :      .   : :   :   *::

ABCD1           VDVEQGIICENIPIVTPSGEVVVASLNIRVEEGMHLLITGPNGCGKSSLFRILGGLWPTY 527
ABCD2           IDVDHGIICENVPIITPAGEVVASRLNFKVEEGMHLLITGPNGCGKSSLFRILSGLWPVY 531
ABCD3           IIADNIIKFDHVPLATPNGDVLIRDLNFEVRSGANVLICGPNGCGKSSLFRVLGELWPLF 493
                : .:: *  :::*: ** *:*:   **:.*..* ::** ************:*. *** :

ABCD1           GGVLYKPPPQRMFYIPQRPYMSVGSLRDQVIYPDSVEDMQRKGYSEQDLEAILDVVHLHH 587
ABCD2           EGVLYKPPPQHMFYIPQRPYMSLGSLRDQVIYPDSVDDMHDKGYTDQDLERILHNVHLYH 591
ABCD3           GGRLTKPERGKLFYVPQRPYMTLGTLRDQVIYPDGREDQKRKGISDLVLKEYLDNVQLGH 553
                 * * **   ::**:******::*:*********. :* : ** ::  *:  *. *:* *

ABCD1           ILQREGGWEAMCDWKDVLSGGEKQRIGMARMFYHRPKYALLDECTSAVSIDVEGKIFQAA 647
ABCD2           IVQREGGWDAVMDWKDVLSGGEKQRMGMARMFYHKPKYALLDECTSAVSIDVEGKIFQAA 651
ABCD3           ILEREGGWDSVQDWMDVLSGGEKQRMAMARLFYHKPQFAILDECTSAVSVDVEGYIYSHC 613
                *::*****::: ** **********:.***:***:*::*:*********:**** *:. .

ABCD1           KDAGIALLSITHRPSLWKYHTHLLQFDGEGGWKFEKLDSAARLSLTEEKQRLEQQLAGIP 707
ABCD2           KGAGISLLSITHRPSLWKYHTHLLQFDGEGGWRFEQLDTAIRLTLSEEKQKLESQLAGIP 711
ABCD3           RKVGITLFTVSHRKSLWKHHEYYLHMDGRGNYEFKQIT--------EDTVEFGS------ 659
                : .**:*::::** ****:* : *::**.*.:.*:::         *:. .: .      

ABCD1           KMQRRLQELCQILGEAVAPAHVPAPSPQGPGGLQGAST 745
ABCD2           KMQQRLNELCKILGEDSVLKTIKNEDETS--------- 740
ABCD3           --------------------------------------